Osnovne organizacijske jedinice su:
- Kabinet ministra
- Sektor za drugostepeni upravni postupak i opće pravne poslove
- Sektor za privredu i finansijski sistem
- Sektor za poreznu politiku, javne prihode i igre na sreću
- Sektor za budžet i javne rashode
- Sektor za trezor
- Sektor za upravljanje dugom
- Sektor za ekonomsko-finansijske i zajedničke poslove
- Centralna harmonizacijska jedinica (CHJ)
- Jedinica za internu reviziju
- Jedinica za budžetsku inspekciju.
