Jedinica za internu reviziju obavlja internu reviziju sistema, aktivnosti, i procesa u Ministarstvu i kod budžetskih korisnika koji ne ispunjavaju uvjete iz člana 9. Zakona o internoj reviziji u javnom sektoru u Federaciji BiH. Interna revizija obavlja se na osnovu strateškog i godišnjeg plana interne revizije odobrenog od rukovodioca organizacije i u određenim slučajevima po nalogu rukovodioca, a u skladu sa Zakonom o internoj reviziji u javnome sektoru u Federaciji BiH, Etičkim kodeksom, Standardima i Poveljom interne revizije. Uloga interne revizije je da na osnovu utvrđivanja potencijalnih rizika u procesima i aktivnostima procijeni, sagleda i izvijesti o: efikasnosti i adekvatnosti sistema finansijskog upravljanja i kontrola u svrhu kontroliranja rizika, usaglašenosti sa zakonima i propisima, pouzdanosti, tačnosti i sveobuhvatnosti finansijskih i drugih poslovnih informacija, efektivnosti, efikasnosti i ekonomičnosti poslovanja, zaštiti imovine i drugih resursa i poduzimanju mjera protiv mogućih gubitaka, zbog zloupotrebe, lošeg upravljanja, grešaka, prevara i nepravilnosti, poštovanju i adekvatnosti politika i procedure za upravljanje rizicima u organizaciji, odnosno da su aktivnosti zaposlenih u skladu sa politikama, standardima, procedurama i važećim zakonskim i podzakonskim propisima, i poduzetim mjerama rukovodioca subjekta revizije odnosno organizacije, po preporukama interne revizije, s ciljem otklanjanja utvrđenih slabosti i nepravilnosti.